An der Stelle der heutigen Kirche stand bereits im 9. Jahrhundert eine Kapelle und später eine kleine Kirche. Erstmals urkundlich erwähnt wird die reformierte Kirche Zollikons 1223, als die Äbte von Kappel am Albis und Muri ''in ecclesiam Zollicon'' einen Zehntenstreit schlichteten. Die romanische Kirche bestand aus einem rechteckigen Langhaus und einem quadratischen Turmchor.

Nach der Zerstörung Zollikons im Alten Zürichkrieg wünscht sich die Einwohnerschaft eine neue Dorfkirche. 1495 erhielten die Zolliker vom Rat der Stadt Zürich das Recht, Geld für den Bau einer neuen Kirche zu sammeln. 1497/98 wurden das Kirchenschiff und der Glockenturm mit seinem Käsbissendach gebaut, ein Jahr später wurde auch der Chor neu gebaut.

1743 wurde die schwere Holzdecke durch eine Gipsdecke mit Stuckaturen von Johannes Meyer ersetzt. 1795 wurde der Käsbissenturm, der 1691 durch einen Blitzschlag beschädigt worden und 1794 teilweise eingestürzt war, durch einen Spitzhelm ersetzt. Als Vorbild diente der hohe und schlanke Helm des Fraumünsters in Zürich. Die vier Glocken sind auf B-Dur gestimmt und stammen von der Glockengiesserei Rüetschi in Aarau. Die Turmhöhe beträgt bis zur Helmspitze 52,63 Meter, bis zur Stangenspitze 65,83 Meter. Der Kugeldurchmesser beträgt 50 Zentimeter.

1836 trat das Grossmünster den Chor an den Staat ab, der ihn 1888 an Zollikon weitergab. 1908 wurde elektrisches Licht eingerichtet und neben dem Chor ein Pfarrzimmer angebaut. Kanzel, Täfer und Bänke wurden neu gebaut, im Chor wurde eine erste Orgel eingebaut. Da sich die Kirche mit ihren 400 Plätzen immer wieder als zu klein erwies, wurde 1937 das Kirchenschiff an der Nordseite durch einen Anbau mit 170 zusätzlichen Plätzen erweitert. Auf einer Empore wurde 1971 von der Firma Orgelbau Kuhn aus Männedorf eine neue Orgel eingebaut.

1967 wurde die Kirche einer Gesamtrenovation unterzogen und erhielt ihr heutiges Aussehen. Unter anderem wurde das schwer wirkende Täfer entfernt, die Bänke wurden ersetzt, der 1908 entfernte Taufstein wurde wieder eingesetzt. Kirche, Turm und Innenraum wurden weiss gestrichen. Architekt war Werner Blumer aus Zollikon. Seit 1984 vervollständigt das neue Kirchgemeindehaus das kirchliche Zentrum Zollikons.

Siehe auch Wikipedia: Reformierte Kirche Zollikon